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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Kaiserslautern | 28 | 14 | 11 | 3 | 20:8 | 12 | 53 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 28 | 14 | 8 | 6 | 19:10 | 9 | 50 |
| 3 |
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1. FC Union Berlin | 28 | 13 | 9 | 6 | 24:15 | 9 | 48 |
| 4 |
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Hertha BSC | 28 | 11 | 13 | 4 | 16:5 | 11 | 46 |
| 5 |
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1. FC Köln | 28 | 10 | 11 | 7 | 14:10 | 4 | 41 |
| 6 |
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TSV 1860 München | 28 | 9 | 13 | 6 | 13:8 | 5 | 40 |
| 7 |
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FSV Frankfurt | 28 | 10 | 9 | 9 | 16:12 | 4 | 39 |
| 8 |
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Energie Cottbus | 28 | 10 | 8 | 10 | 14:13 | 1 | 38 |
| 9 |
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VfR Aalen | 28 | 8 | 13 | 7 | 11:12 | -1 | 37 |
| 10 |
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Jahn Regensburg | 28 | 8 | 11 | 9 | 16:16 | 0 | 35 |
| 11 |
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SC Paderborn 07 | 28 | 7 | 13 | 8 | 11:12 | -1 | 34 |
| 12 |
|
Dynamo Dresden | 28 | 8 | 10 | 10 | 16:18 | -2 | 34 |
| 13 |
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Erzgebirge Aue | 28 | 7 | 10 | 11 | 16:21 | -5 | 31 |
| 14 |
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FC Ingolstadt 04 | 28 | 5 | 13 | 10 | 10:13 | -3 | 28 |
| 15 |
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SV Sandhausen | 28 | 6 | 9 | 13 | 16:26 | -10 | 27 |
| 16 |
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MSV Duisburg | 28 | 5 | 12 | 11 | 10:21 | -11 | 27 |
| 17 |
|
VfL Bochum | 28 | 5 | 10 | 13 | 10:22 | -12 | 25 |
| 18 |
|
FC St. Pauli | 28 | 3 | 15 | 10 | 7:17 | -10 | 24 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
