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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Arminia Bielefeld | 27 | 14 | 7 | 6 | 22:13 | 9 | 49 |
| 2 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 27 | 14 | 5 | 8 | 25:16 | 9 | 47 |
| 3 |
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Karlsruher SC | 27 | 10 | 15 | 2 | 16:7 | 9 | 45 |
| 4 |
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Preußen Münster | 27 | 11 | 9 | 7 | 16:13 | 3 | 42 |
| 5 |
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SV Wehen Wiesbaden | 27 | 8 | 14 | 5 | 18:11 | 7 | 38 |
| 6 |
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VfL Osnabrück | 27 | 8 | 13 | 6 | 14:12 | 2 | 37 |
| 7 |
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Hansa Rostock | 27 | 8 | 12 | 7 | 17:14 | 3 | 36 |
| 8 |
|
Chemnitzer FC | 27 | 7 | 14 | 6 | 17:14 | 3 | 35 |
| 9 |
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SV Babelsberg 03 | 27 | 9 | 8 | 10 | 15:19 | -4 | 35 |
| 10 |
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SV Darmstadt 98 | 27 | 7 | 13 | 7 | 9:11 | -2 | 34 |
| 11 |
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Rot-Weiß Erfurt | 27 | 7 | 12 | 8 | 18:18 | 0 | 33 |
| 12 |
|
VfB Stuttgart II | 27 | 6 | 15 | 6 | 12:13 | -1 | 33 |
| 13 |
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SpVgg Unterhaching | 27 | 7 | 12 | 8 | 13:16 | -3 | 33 |
| 14 |
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Kickers Offenbach | 27 | 7 | 10 | 10 | 15:17 | -2 | 31 |
| 15 |
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Wacker Burghausen | 27 | 7 | 10 | 10 | 13:17 | -4 | 31 |
| 16 |
|
Stuttgarter Kickers | 27 | 6 | 11 | 10 | 14:15 | -1 | 29 |
| 17 |
|
Borussia Dortmund II | 27 | 6 | 11 | 10 | 13:18 | -5 | 29 |
| 18 |
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1. FC Saarbrücken | 27 | 7 | 8 | 12 | 17:24 | -7 | 29 |
| 19 |
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Hallescher FC | 27 | 3 | 17 | 7 | 7:13 | -6 | 26 |
| 20 |
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Alemannia Aachen | 27 | 3 | 14 | 10 | 6:16 | -10 | 23 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
