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| Tabelle | Heim | » Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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VfL Osnabrück | 15 | 8 | 3 | 4 | 24:15 | 9 | 27 |
| 2 |
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Karlsruher SC | 13 | 7 | 4 | 2 | 22:9 | 13 | 25 |
| 3 |
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Preußen Münster | 14 | 7 | 3 | 4 | 20:13 | 7 | 24 |
| 4 |
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Arminia Bielefeld | 14 | 6 | 5 | 3 | 22:17 | 5 | 23 |
| 5 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 15 | 7 | 2 | 6 | 25:22 | 3 | 23 |
| 6 |
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VfB Stuttgart II | 15 | 5 | 6 | 4 | 19:15 | 4 | 21 |
| 7 |
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SpVgg Unterhaching | 13 | 5 | 5 | 3 | 12:11 | 1 | 20 |
| 8 |
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Hallescher FC | 15 | 5 | 3 | 7 | 13:21 | -8 | 18 |
| 9 |
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1. FC Saarbrücken | 14 | 5 | 0 | 9 | 12:27 | -15 | 15 |
| 10 |
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SV Wehen Wiesbaden | 14 | 1 | 10 | 3 | 16:20 | -4 | 13 |
| 11 |
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Chemnitzer FC | 14 | 2 | 6 | 6 | 13:18 | -5 | 12 |
| 12 |
|
Hansa Rostock | 14 | 3 | 3 | 8 | 13:23 | -10 | 12 |
| 13 |
|
Borussia Dortmund II | 14 | 3 | 3 | 8 | 16:30 | -14 | 12 |
| 14 |
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Kickers Offenbach | 14 | 2 | 5 | 7 | 14:18 | -4 | 11 |
| 15 |
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Stuttgarter Kickers | 13 | 3 | 2 | 8 | 14:20 | -6 | 11 |
| 16 |
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Alemannia Aachen | 14 | 2 | 5 | 7 | 10:18 | -8 | 11 |
| 17 |
|
Wacker Burghausen | 14 | 3 | 2 | 9 | 12:23 | -11 | 11 |
| 18 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 13 | 2 | 2 | 9 | 13:25 | -12 | 8 |
| 19 |
|
SV Darmstadt 98 | 14 | 0 | 6 | 8 | 9:25 | -16 | 6 |
| 20 |
|
SV Babelsberg 03 | 14 | 1 | 3 | 10 | 8:24 | -16 | 6 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
