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| Tabelle | Heim | » Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Karlsruher SC | 16 | 9 | 4 | 3 | 26:12 | 14 | 31 |
| 2 |
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Arminia Bielefeld | 16 | 8 | 5 | 3 | 25:17 | 8 | 29 |
| 3 |
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Preußen Münster | 17 | 8 | 5 | 4 | 22:14 | 8 | 29 |
| 4 |
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VfL Osnabrück | 17 | 8 | 3 | 6 | 26:19 | 7 | 27 |
| 5 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 17 | 7 | 4 | 6 | 27:24 | 3 | 25 |
| 6 |
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VfB Stuttgart II | 17 | 5 | 7 | 5 | 19:16 | 3 | 22 |
| 7 |
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SpVgg Unterhaching | 16 | 5 | 5 | 6 | 13:15 | -2 | 20 |
| 8 |
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Hallescher FC | 17 | 5 | 3 | 9 | 13:26 | -13 | 18 |
| 9 |
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1. FC Saarbrücken | 16 | 5 | 2 | 9 | 15:30 | -15 | 17 |
| 10 |
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Chemnitzer FC | 17 | 3 | 7 | 7 | 20:23 | -3 | 16 |
| 11 |
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Kickers Offenbach | 16 | 3 | 6 | 7 | 16:18 | -2 | 15 |
| 12 |
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SV Wehen Wiesbaden | 17 | 1 | 12 | 4 | 20:26 | -6 | 15 |
| 13 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 16 | 4 | 3 | 9 | 15:25 | -10 | 15 |
| 14 |
|
Hansa Rostock | 17 | 4 | 3 | 10 | 20:32 | -12 | 15 |
| 15 |
|
Stuttgarter Kickers | 16 | 4 | 2 | 10 | 18:27 | -9 | 14 |
| 16 |
|
Borussia Dortmund II | 16 | 3 | 4 | 9 | 17:32 | -15 | 13 |
| 17 |
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Alemannia Aachen | 16 | 2 | 6 | 8 | 11:22 | -11 | 12 |
| 18 |
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Wacker Burghausen | 16 | 3 | 3 | 10 | 13:25 | -12 | 12 |
| 19 |
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SV Darmstadt 98 | 17 | 1 | 7 | 9 | 11:26 | -15 | 10 |
| 20 |
|
SV Babelsberg 03 | 17 | 2 | 3 | 12 | 12:29 | -17 | 9 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
