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| Tabelle | Heim | » Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Karlsruher SC | 19 | 11 | 4 | 4 | 32:16 | 16 | 37 |
| 2 |
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Arminia Bielefeld | 19 | 9 | 5 | 5 | 26:21 | 5 | 32 |
| 3 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 19 | 9 | 4 | 6 | 31:26 | 5 | 31 |
| 4 |
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VfL Osnabrück | 19 | 9 | 3 | 7 | 28:21 | 7 | 30 |
| 5 |
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Preußen Münster | 19 | 8 | 6 | 5 | 23:18 | 5 | 30 |
| 6 |
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VfB Stuttgart II | 19 | 5 | 7 | 7 | 21:22 | -1 | 22 |
| 7 |
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Rot-Weiß Erfurt | 19 | 5 | 5 | 9 | 18:27 | -9 | 20 |
| 8 |
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SpVgg Unterhaching | 19 | 5 | 5 | 9 | 15:26 | -11 | 20 |
| 9 |
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1. FC Saarbrücken | 19 | 6 | 2 | 11 | 19:36 | -17 | 20 |
| 10 |
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Stuttgarter Kickers | 19 | 5 | 4 | 10 | 21:29 | -8 | 19 |
| 11 |
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Hallescher FC | 19 | 5 | 4 | 10 | 16:30 | -14 | 19 |
| 12 |
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SV Wehen Wiesbaden | 19 | 2 | 12 | 5 | 22:28 | -6 | 18 |
| 13 |
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Kickers Offenbach | 19 | 3 | 8 | 8 | 18:22 | -4 | 17 |
| 14 |
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Chemnitzer FC | 19 | 3 | 8 | 8 | 22:28 | -6 | 17 |
| 15 |
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Hansa Rostock | 19 | 4 | 5 | 10 | 22:34 | -12 | 17 |
| 16 |
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Borussia Dortmund II | 19 | 4 | 5 | 10 | 20:36 | -16 | 17 |
| 17 |
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Wacker Burghausen | 19 | 4 | 4 | 11 | 17:26 | -9 | 16 |
| 18 |
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SV Darmstadt 98 | 19 | 3 | 7 | 9 | 17:28 | -11 | 16 |
| 19 |
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Alemannia Aachen | 19 | 2 | 6 | 11 | 13:30 | -17 | 12 |
| 20 |
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SV Babelsberg 03 | 19 | 2 | 3 | 14 | 14:35 | -21 | 9 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
