# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 38 23 10 5 69:27 42 79
2 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 38 22 10 6 59:32 27 76
3 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 38 22 7 9 64:35 29 73
4 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 38 20 12 6 63:33 30 72
5 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 38 21 9 8 69:47 22 72
6 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 38 15 10 13 56:47 9 55
7 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 38 11 18 9 51:51 0 51
8 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 38 14 9 15 45:45 0 51
9 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 38 14 9 15 48:55 -7 51
10 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 38 12 10 16 37:50 -13 46
11 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 38 12 9 17 52:62 -10 45
12 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 38 11 11 16 39:52 -13 44
13 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 38 11 11 16 44:58 -14 44
14 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 38 11 10 17 35:42 -7 43
15 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 38 11 11 16 41:44 -3 42
16 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 38 9 14 15 39:58 -19 41
17 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 38 10 10 18 39:48 -9 40
18 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 38 8 14 16 32:46 -14 38
19 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 38 9 10 19 32:54 -22 37
20 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 38 7 10 21 40:68 -28 26
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.