# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 7 5 2 0 12:5 7 17
2 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 7 5 1 1 10:4 6 16
3 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 7 4 2 1 14:7 7 14
4 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 7 4 2 1 15:11 4 14
5 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 7 4 1 2 12:8 4 13
6 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 7 4 1 2 10:7 3 13
7 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 7 3 2 2 5:3 2 11
8 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 7 3 1 3 11:9 2 10
9 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 7 3 1 3 10:9 1 10
10 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 7 3 0 4 8:11 -3 9
11 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 7 2 2 3 9:6 3 8
12 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 7 2 2 3 9:13 -4 8
13 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 7 1 4 2 6:6 0 7
14 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 7 1 4 2 10:11 -1 7
15 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 7 1 3 3 5:9 -4 6
16 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 7 2 4 1 9:9 0 5
17 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 7 2 1 4 10:12 -2 5
18 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 7 1 2 4 5:13 -8 5
19 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 7 1 1 5 7:12 -5 4
20 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 7 0 2 5 3:15 -12 2
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.