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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SC Paderborn 07 | 34 | 18 | 11 | 5 | 34:12 | 22 | 65 |
| 2 |
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SV Wehen Wiesbaden | 34 | 14 | 13 | 7 | 31:14 | 17 | 55 |
| 3 |
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Hansa Rostock | 34 | 13 | 14 | 7 | 19:11 | 8 | 53 |
| 4 |
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Karlsruher SC | 34 | 12 | 17 | 5 | 17:11 | 6 | 53 |
| 5 |
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1. FC Magdeburg | 34 | 12 | 16 | 6 | 34:16 | 18 | 52 |
| 6 |
|
SV Meppen | 34 | 13 | 11 | 10 | 19:15 | 4 | 50 |
| 7 |
|
Fortuna Köln | 34 | 10 | 16 | 8 | 24:20 | 4 | 46 |
| 8 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 34 | 9 | 18 | 7 | 18:21 | -3 | 45 |
| 9 |
|
VfR Aalen | 34 | 10 | 14 | 10 | 21:20 | 1 | 44 |
| 10 |
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Würzburger Kickers | 34 | 11 | 11 | 12 | 14:18 | -4 | 44 |
| 11 |
|
Preußen Münster | 34 | 11 | 10 | 13 | 19:23 | -4 | 43 |
| 12 |
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SpVgg Unterhaching | 34 | 10 | 12 | 12 | 22:20 | 2 | 42 |
| 13 |
|
Chemnitzer FC | 34 | 9 | 14 | 11 | 21:27 | -6 | 41 |
| 14 |
|
Hallescher FC | 34 | 9 | 13 | 12 | 20:21 | -1 | 40 |
| 15 |
|
FSV Zwickau | 34 | 9 | 13 | 12 | 19:23 | -4 | 40 |
| 16 |
|
Werder Bremen II | 34 | 7 | 18 | 9 | 15:23 | -8 | 39 |
| 17 |
|
VfL Osnabrück | 34 | 9 | 10 | 15 | 20:29 | -9 | 37 |
| 18 |
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SG Sonnenhof Großaspach | 34 | 8 | 13 | 13 | 17:29 | -12 | 37 |
| 19 |
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Sportfreunde Lotte | 34 | 6 | 15 | 13 | 19:27 | -8 | 33 |
| 20 |
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Rot-Weiß Erfurt | 34 | 2 | 17 | 15 | 9:32 | -23 | 23 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Rot-Weiß Erfurt wurde nach Eröffnung des Insolvenzverfahrens mit einem Abzug von neun Punkten belegt. Ein weiterer Punkt wurde RWE wegen eines Verstoßes gegen Zulassungsauflagen abgezogen. # Der Chemnitzer FC wurde nach Eröffnung des Insolvenzverfahrens mit einem Abzug von neun Punkten belegt. |
