| 1. Spieltag | 29.07.2023 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 2. Spieltag | 05.08.2023 | FC St. Pauli | - | Fortuna Düsseldorf | 0:0 | ||||
| 3. Spieltag | 19.08.2023 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 4. Spieltag | 27.08.2023 | FC St. Pauli | - | 1. FC Magdeburg | 0:0 | ||||
| 5. Spieltag | 01.09.2023 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 6. Spieltag | 17.09.2023 | FC St. Pauli | - | Holstein Kiel | 5:1 | ||||
| 7. Spieltag | 23.09.2023 | FC St. Pauli | - | FC Schalke 04 | 3:1 | ||||
| 8. Spieltag | 30.09.2023 | Hertha BSC | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 9. Spieltag | 07.10.2023 | FC St. Pauli | - | 1. FC Nürnberg | 5:1 | ||||
| 21. Spieltag | 10.02.2024 | 1. FC Magdeburg | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 24. Spieltag | 01.03.2024 | FC Schalke 04 | - | FC St. Pauli | 3:1 | ||||
| 27. Spieltag | 31.03.2024 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | ||||
| 28. Spieltag | 06.04.2024 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 29. Spieltag | 14.04.2024 | FC St. Pauli | - | SV 07 Elversberg | 3:4 | ||||
| 32. Spieltag | 03.05.2024 | Hamburger SV | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 33. Spieltag | 12.05.2024 | FC St. Pauli | - | VfL Osnabrück | 3:1 | ||||
| 34. Spieltag | 19.05.2024 | SV Wehen Wiesbaden | - | FC St. Pauli | 1:2 |  |
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