1. Spieltag 05.08.2006 Wuppertaler SV - FC St. Pauli 3:1
2. Spieltag 09.08.2006 FC St. Pauli - Borussia Dortmund II 2:1
3. Spieltag 12.08.2006 VfB Lübeck - FC St. Pauli 1:0
4. Spieltag 19.08.2006 FC St. Pauli - Werder Bremen II 2:1
5. Spieltag 26.08.2006 Hertha BSC II - FC St. Pauli 3:0
6. Spieltag 02.09.2006 FC St. Pauli - 1. FC Union Berlin 0:0
7. Spieltag 12.09.2006 SV Wilhelmshaven - FC St. Pauli 3:3
8. Spieltag 15.09.2006 FC St. Pauli - Bayer Leverkusen II 2:0 gelbe Karte
9. Spieltag 23.09.2006 Kickers Emden - FC St. Pauli 1:1
11. Spieltag 15.10.2006 FC St. Pauli - Hamburger SV II 0:0
12. Spieltag 21.10.2006 Holstein Kiel - FC St. Pauli 1:2
13. Spieltag 27.10.2006 FC St. Pauli - Bor. Mönchengladbach II 1:0
14. Spieltag 04.11.2006 Rot Weiss Ahlen - FC St. Pauli 1:1
15. Spieltag 08.11.2006 FC St. Pauli - VfL Osnabrück 2:2
16. Spieltag 11.11.2006 Fortuna Düsseldorf - FC St. Pauli 2:0
17. Spieltag 17.11.2006 FC St. Pauli - Rot-Weiß Erfurt 1:1
18. Spieltag 25.11.2006 Dynamo Dresden - FC St. Pauli 3:0
19. Spieltag 02.12.2006 FC St. Pauli - 1. FC Magdeburg 2:0
20. Spieltag 08.12.2006 FC St. Pauli - Wuppertaler SV 1:1
22. Spieltag 17.02.2007 FC St. Pauli - VfB Lübeck 2:0
21. Spieltag 21.02.2007 Borussia Dortmund II - FC St. Pauli 0:1
24. Spieltag 03.03.2007 FC St. Pauli - Hertha BSC II 3:0
25. Spieltag 10.03.2007 1. FC Union Berlin - FC St. Pauli 2:0
26. Spieltag 16.03.2007 FC St. Pauli - SV Wilhelmshaven 2:0
27. Spieltag 24.03.2007 Bayer Leverkusen II - FC St. Pauli 2:1
28. Spieltag 27.03.2007 FC St. Pauli - Kickers Emden 2:0
30. Spieltag 04.04.2007 Hamburger SV II - FC St. Pauli 0:0
31. Spieltag 14.04.2007 FC St. Pauli - Holstein Kiel 2:0
34. Spieltag 05.05.2007 VfL Osnabrück - FC St. Pauli 0:0
35. Spieltag 12.05.2007 FC St. Pauli - Fortuna Düsseldorf 2:0
36. Spieltag 20.05.2007 Rot-Weiß Erfurt - FC St. Pauli 0:3
37. Spieltag 25.05.2007 FC St. Pauli - Dynamo Dresden 2:2 Tor gelbe Karte
38. Spieltag 02.06.2007 1. FC Magdeburg - FC St. Pauli 1:1