2. Spieltag 25.07.2011 Eintracht Frankfurt - FC St. Pauli 1:1
3. Spieltag 05.08.2011 FC St. Pauli - Alemannia Aachen 3:1
5. Spieltag 22.08.2011 FC St. Pauli - MSV Duisburg 2:1
6. Spieltag 28.08.2011 Eintracht Braunschweig - FC St. Pauli 1:0
10. Spieltag 01.10.2011 Energie Cottbus - FC St. Pauli 1:4
11. Spieltag 17.10.2011 FC St. Pauli - Fortuna Düsseldorf 1:3
12. Spieltag 23.10.2011 FC St. Pauli - FSV Frankfurt 2:1
13. Spieltag 28.10.2011 1. FC Union Berlin - FC St. Pauli 0:2
14. Spieltag 05.11.2011 FC St. Pauli - SpVgg Greuther Fürth 2:2 Tor
15. Spieltag 19.11.2011 Hansa Rostock - FC St. Pauli 1:3
16. Spieltag 27.11.2011 FC St. Pauli - Dynamo Dresden 3:1
17. Spieltag 02.12.2011 SC Paderborn 07 - FC St. Pauli 1:1
18. Spieltag 11.12.2011 FC Ingolstadt 04 - FC St. Pauli 1:0
19. Spieltag 19.12.2011 FC St. Pauli - Eintracht Frankfurt 2:0
20. Spieltag 04.02.2012 Alemannia Aachen - FC St. Pauli 2:1
21. Spieltag 12.02.2012 FC St. Pauli - VfL Bochum 2:1
22. Spieltag 17.02.2012 MSV Duisburg - FC St. Pauli 0:1
23. Spieltag 26.02.2012 FC St. Pauli - Eintracht Braunschweig 0:0
24. Spieltag 05.03.2012 TSV 1860 München - FC St. Pauli 1:1
25. Spieltag 12.03.2012 FC St. Pauli - Karlsruher SC 1:0
26. Spieltag 18.03.2012 Erzgebirge Aue - FC St. Pauli 2:1
27. Spieltag 25.03.2012 FC St. Pauli - Energie Cottbus 0:0
29. Spieltag 07.04.2012 FSV Frankfurt - FC St. Pauli 3:3
30. Spieltag 10.04.2012 FC St. Pauli - 1. FC Union Berlin 2:1
31. Spieltag 13.04.2012 SpVgg Greuther Fürth - FC St. Pauli 2:1
32. Spieltag 22.04.2012 FC St. Pauli - Hansa Rostock 3:0
33. Spieltag 29.04.2012 Dynamo Dresden - FC St. Pauli 1:0