1. Spieltag 12.08.2000 LR Ahlen - FC St. Pauli 3:6
3. Spieltag 05.09.2000 SSV Reutlingen - FC St. Pauli 2:0
4. Spieltag 10.09.2000 FC St. Pauli - Stuttgarter Kickers 4:0 Tor
5. Spieltag 15.09.2000 MSV Duisburg - FC St. Pauli 4:1
6. Spieltag 23.09.2000 FC St. Pauli - Arminia Bielefeld 2:0
7. Spieltag 30.09.2000 Bor. Mönchengladbach - FC St. Pauli 4:2
8. Spieltag 15.10.2000 FC St. Pauli - SpVgg Greuther Fürth 3:3
9. Spieltag 20.10.2000 Chemnitzer FC - FC St. Pauli 1:3 Tor
10. Spieltag 29.10.2000 FC St. Pauli - 1. FC Saarbrücken 2:2 gelbe Karte
11. Spieltag 05.11.2000 VfL Osnabrück - FC St. Pauli 0:0 gelbe Karte
12. Spieltag 11.11.2000 FC St. Pauli - SSV Ulm 1846 1:0
13. Spieltag 19.11.2000 Rot-Weiß Oberhausen - FC St. Pauli 2:3
14. Spieltag 27.11.2000 FC St. Pauli - 1. FSV Mainz 05 2:2
15. Spieltag 03.12.2000 FC St. Pauli - Alemannia Aachen 3:3 Tor
16. Spieltag 11.12.2000 Hannover 96 - FC St. Pauli 1:1 Tor gelbe Karte
17. Spieltag 14.12.2000 FC St. Pauli - 1. FC Nürnberg 1:0 Tor
18. Spieltag 17.12.2000 FC St. Pauli - LR Ahlen 3:2
19. Spieltag 26.01.2001 Waldhof Mannheim - FC St. Pauli 2:1
21. Spieltag 09.02.2001 Stuttgarter Kickers - FC St. Pauli 0:2
22. Spieltag 18.02.2001 FC St. Pauli - MSV Duisburg 1:0
20. Spieltag 01.03.2001 FC St. Pauli - SSV Reutlingen 1:0 gelbe Karte
24. Spieltag 05.03.2001 FC St. Pauli - Bor. Mönchengladbach 0:2
25. Spieltag 11.03.2001 SpVgg Greuther Fürth - FC St. Pauli 5:1
26. Spieltag 18.03.2001 FC St. Pauli - Chemnitzer FC 3:0
27. Spieltag 30.03.2001 1. FC Saarbrücken - FC St. Pauli 1:0
28. Spieltag 08.04.2001 FC St. Pauli - VfL Osnabrück 2:4
30. Spieltag 21.04.2001 FC St. Pauli - Rot-Weiß Oberhausen 4:1
31. Spieltag 28.04.2001 1. FSV Mainz 05 - FC St. Pauli 1:1
34. Spieltag 20.05.2001 1. FC Nürnberg - FC St. Pauli 1:2