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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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VfL Osnabrück | 19 | 12 | 4 | 3 | 20:5 | 15 | 40 |
| 2 |
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Preußen Münster | 19 | 9 | 9 | 1 | 18:6 | 12 | 36 |
| 3 |
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Wacker Burghausen | 19 | 10 | 3 | 6 | 17:14 | 3 | 33 |
| 4 |
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Kickers Offenbach | 19 | 8 | 8 | 3 | 18:9 | 9 | 32 |
| 5 |
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Karlsruher SC | 19 | 7 | 9 | 3 | 20:6 | 14 | 30 |
| 6 |
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Arminia Bielefeld | 19 | 7 | 9 | 3 | 13:9 | 4 | 30 |
| 7 |
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Chemnitzer FC | 19 | 6 | 10 | 3 | 16:12 | 4 | 28 |
| 8 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 19 | 7 | 7 | 5 | 17:14 | 3 | 28 |
| 9 |
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SpVgg Unterhaching | 19 | 7 | 5 | 7 | 20:17 | 3 | 26 |
| 10 |
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1. FC Saarbrücken | 19 | 7 | 5 | 7 | 13:14 | -1 | 26 |
| 11 |
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VfB Stuttgart II | 19 | 7 | 4 | 8 | 15:13 | 2 | 25 |
| 12 |
|
Hansa Rostock | 19 | 5 | 9 | 5 | 8:14 | -6 | 24 |
| 13 |
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Stuttgarter Kickers | 19 | 5 | 8 | 6 | 12:12 | 0 | 23 |
| 14 |
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Hallescher FC | 19 | 5 | 6 | 8 | 11:18 | -7 | 21 |
| 15 |
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Alemannia Aachen | 19 | 4 | 7 | 8 | 13:19 | -6 | 19 |
| 16 |
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SV Babelsberg 03 | 19 | 3 | 10 | 6 | 4:11 | -7 | 19 |
| 17 |
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Rot-Weiß Erfurt | 19 | 5 | 4 | 10 | 10:21 | -11 | 19 |
| 18 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 19 | 3 | 8 | 8 | 11:19 | -8 | 17 |
| 19 |
|
Borussia Dortmund II | 19 | 3 | 5 | 11 | 8:20 | -12 | 14 |
| 20 |
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SV Darmstadt 98 | 19 | 2 | 6 | 11 | 9:20 | -11 | 12 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
