H Shakter Karaganda - Celtic FC 2:0 (1:0)
R Celtic FC - Shakter Karaganda 3:0 (1:0)
H: 20.08.2013 17:00 R: 28.08.2013 20:45 Sieger: Celtic FC
H Viktoria Plzeň - NK Maribor 3:1 (1:0)
R NK Maribor - Viktoria Plzeň 0:1 (0:1)
H: 20.08.2013 20:45 R: 28.08.2013 20:45 Sieger: Viktoria Plzeň
H Olympique Lyon - Real Sociedad 0:2 (0:1)
R Real Sociedad - Olympique Lyon 2:0 (0:0)
H: 20.08.2013 20:45 R: 28.08.2013 20:45 Sieger: Real Sociedad
H Paços de Ferreira - Zenit St. Petersburg 1:4 (0:1)
R Zenit St. Petersburg - Paços de Ferreira 4:2 (1:0)
H: 20.08.2013 20:45 R: 28.08.2013 18:00 Sieger: Zenit St. Petersburg
H PSV Eindhoven - AC Milan 1:1 (0:1)
R AC Milan - PSV Eindhoven 3:0 (1:0)
H: 20.08.2013 20:45 R: 28.08.2013 20:45 Sieger: AC Milan
H Dinamo Zagreb - Austria Wien 0:2 (0:0)
R Austria Wien - Dinamo Zagreb 2:3 (1:2)
H: 21.08.2013 20:45 R: 27.08.2013 20:45 Sieger: Austria Wien
H PFC Ludogorets Razgrad - FC Basel 2:4 (1:1)
R FC Basel - PFC Ludogorets Razgrad 2:0 (1:0)
H: 21.08.2013 20:45 R: 27.08.2013 20:45 Sieger: FC Basel
H Steaua Bucureşti - Legia Warszawa 1:1 (1:0)
R Legia Warszawa - Steaua Bucureşti 2:2 (1:2)
H: 21.08.2013 20:45 R: 27.08.2013 20:45 Sieger: Steaua Bucureşti
H FC Schalke 04 - PAOK Saloniki 1:1 (1:0)
R PAOK Saloniki - FC Schalke 04 2:3 (0:1)
H: 21.08.2013 20:45 R: 27.08.2013 20:45 Sieger: FC Schalke 04
H Fenerbahçe - Arsenal FC 0:3 (0:0)
R Arsenal FC - Fenerbahçe 2:0 (1:0)
H: 21.08.2013 20:45 R: 27.08.2013 20:45 Sieger: Arsenal FC

# Metalist Kharkov wurde wegen Spielmanipulation in der heimischen Liga von der UEFA für die Champions League-Playoffs gesperrt. Als Ersatz rückt ihr Gegner aus der 3. Runde PAOK Saloniki aus der Europa League-Qualifikation auf und tritt statt Kharkov gegen den FC Schalke 04 an.