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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Kaiserslautern | 10 | 6 | 4 | 0 | 8:2 | 6 | 22 |
| 2 |
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Hertha BSC | 10 | 5 | 4 | 1 | 6:1 | 5 | 19 |
| 3 |
|
Eintracht Braunschweig | 10 | 5 | 3 | 2 | 5:2 | 3 | 18 |
| 4 |
|
TSV 1860 München | 10 | 4 | 5 | 1 | 7:2 | 5 | 17 |
| 5 |
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1. FC Union Berlin | 10 | 4 | 3 | 3 | 6:5 | 1 | 15 |
|
VfR Aalen | 10 | 4 | 3 | 3 | 6:5 | 1 | 15 | |
| 7 |
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FC Ingolstadt 04 | 10 | 3 | 5 | 2 | 6:3 | 3 | 14 |
| 8 |
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Dynamo Dresden | 10 | 4 | 2 | 4 | 7:5 | 2 | 14 |
| 9 |
|
SC Paderborn 07 | 10 | 3 | 5 | 2 | 4:3 | 1 | 14 |
| 10 |
|
Energie Cottbus | 10 | 4 | 2 | 4 | 5:5 | 0 | 14 |
| 11 |
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SV Sandhausen | 10 | 3 | 5 | 2 | 6:7 | -1 | 14 |
| 12 |
|
FSV Frankfurt | 10 | 3 | 4 | 3 | 4:4 | 0 | 13 |
| 13 |
|
Jahn Regensburg | 10 | 3 | 3 | 4 | 5:6 | -1 | 12 |
| 14 |
|
Erzgebirge Aue | 10 | 2 | 4 | 4 | 2:6 | -4 | 10 |
| 15 |
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1. FC Köln | 10 | 1 | 5 | 4 | 2:5 | -3 | 8 |
| 16 |
|
MSV Duisburg | 10 | 1 | 3 | 6 | 2:8 | -6 | 6 |
| 17 |
|
FC St. Pauli | 10 | 0 | 5 | 5 | 0:6 | -6 | 5 |
|
VfL Bochum | 10 | 0 | 5 | 5 | 0:6 | -6 | 5 | |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
