# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 6 3 3 0 8:3 5 12
2 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 5 3 2 0 8:2 6 11
3 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 5 3 2 0 11:7 4 11
4 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 7 3 2 2 9:7 2 11
5 Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 6 2 3 1 9:8 1 9
6 Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 6 2 3 1 8:8 0 9
7 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 6 3 0 3 6:6 0 9
8 FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 7 2 2 3 8:10 -2 8
9 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 6 1 3 2 9:10 -1 6
10 TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 6 1 3 2 4:6 -2 6
11 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 6 2 0 4 6:10 -4 6
12 FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 7 1 3 3 4:8 -4 6
13 MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 6 2 0 4 4:10 -6 6
14 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 6 1 2 3 8:9 -1 5
15 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 5 1 1 3 2:13 -11 4
16 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 6 1 0 5 5:11 -6 3
17 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 6 0 1 5 4:15 -11 1
18 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 6 0 1 5 3:14 -11 1
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.