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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Kaiserslautern | 12 | 7 | 4 | 1 | 11:5 | 6 | 25 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 12 | 7 | 3 | 2 | 7:2 | 5 | 24 |
| 3 |
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Hertha BSC | 12 | 5 | 5 | 2 | 6:2 | 4 | 20 |
| 4 |
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Energie Cottbus | 12 | 6 | 2 | 4 | 7:5 | 2 | 20 |
| 5 |
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FSV Frankfurt | 12 | 5 | 4 | 3 | 7:4 | 3 | 19 |
| 6 |
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1. FC Union Berlin | 12 | 5 | 4 | 3 | 7:5 | 2 | 19 |
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VfR Aalen | 12 | 5 | 4 | 3 | 7:5 | 2 | 19 | |
| 8 |
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SC Paderborn 07 | 12 | 4 | 6 | 2 | 5:3 | 2 | 18 |
| 9 |
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TSV 1860 München | 12 | 4 | 5 | 3 | 7:4 | 3 | 17 |
| 10 |
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Dynamo Dresden | 12 | 5 | 2 | 5 | 9:7 | 2 | 17 |
| 11 |
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FC Ingolstadt 04 | 12 | 3 | 7 | 2 | 6:3 | 3 | 16 |
| 12 |
|
SV Sandhausen | 12 | 3 | 5 | 4 | 6:9 | -3 | 14 |
| 13 |
|
Erzgebirge Aue | 12 | 3 | 4 | 5 | 6:8 | -2 | 13 |
| 14 |
|
Jahn Regensburg | 12 | 3 | 3 | 6 | 5:8 | -3 | 12 |
| 15 |
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1. FC Köln | 12 | 2 | 5 | 5 | 4:7 | -3 | 11 |
| 16 |
|
MSV Duisburg | 12 | 2 | 3 | 7 | 3:10 | -7 | 9 |
| 17 |
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FC St. Pauli | 12 | 1 | 5 | 6 | 2:8 | -6 | 8 |
| 18 |
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VfL Bochum | 12 | 0 | 5 | 7 | 0:10 | -10 | 5 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
