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| Tabelle | Heim | » Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Hertha BSC | 9 | 5 | 3 | 1 | 21:10 | 11 | 18 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 8 | 4 | 3 | 1 | 12:7 | 5 | 15 |
| 3 |
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1. FC Kaiserslautern | 8 | 4 | 3 | 1 | 13:9 | 4 | 15 |
| 4 |
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SC Paderborn 07 | 9 | 4 | 2 | 3 | 10:8 | 2 | 14 |
| 5 |
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VfR Aalen | 9 | 4 | 2 | 3 | 9:7 | 2 | 14 |
| 6 |
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FC Ingolstadt 04 | 8 | 3 | 3 | 2 | 8:7 | 1 | 12 |
| 7 |
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FSV Frankfurt | 9 | 3 | 2 | 4 | 12:13 | -1 | 11 |
| 8 |
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TSV 1860 München | 9 | 2 | 5 | 2 | 8:9 | -1 | 11 |
| 9 |
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1. FC Union Berlin | 8 | 2 | 4 | 2 | 14:14 | 0 | 10 |
| 10 |
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1. FC Köln | 8 | 3 | 1 | 4 | 9:11 | -2 | 10 |
| 11 |
|
MSV Duisburg | 9 | 3 | 1 | 5 | 7:14 | -7 | 10 |
| 12 |
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Energie Cottbus | 8 | 2 | 3 | 3 | 9:12 | -3 | 9 |
| 13 |
|
Dynamo Dresden | 9 | 1 | 4 | 4 | 10:13 | -3 | 7 |
| 14 |
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FC St. Pauli | 9 | 1 | 3 | 5 | 4:10 | -6 | 6 |
| 15 |
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VfL Bochum | 8 | 1 | 2 | 5 | 5:19 | -14 | 5 |
| 16 |
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Jahn Regensburg | 8 | 1 | 1 | 6 | 8:16 | -8 | 4 |
| 17 |
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Erzgebirge Aue | 8 | 1 | 1 | 6 | 6:17 | -11 | 4 |
| 18 |
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SV Sandhausen | 9 | 0 | 3 | 6 | 9:23 | -14 | 3 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
