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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Eintracht Braunschweig | 9 | 8 | 1 | 0 | 17:3 | 14 | 25 |
| 2 |
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Energie Cottbus | 9 | 6 | 1 | 2 | 16:7 | 9 | 19 |
| 3 |
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Hertha BSC | 8 | 5 | 3 | 0 | 12:4 | 8 | 18 |
| 4 |
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1. FC Kaiserslautern | 9 | 4 | 5 | 0 | 16:9 | 7 | 17 |
| 5 |
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FC St. Pauli | 8 | 4 | 3 | 1 | 14:9 | 5 | 15 |
| 6 |
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TSV 1860 München | 8 | 4 | 2 | 2 | 11:6 | 5 | 14 |
| 7 |
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1. FC Köln | 9 | 3 | 5 | 1 | 11:8 | 3 | 14 |
| 8 |
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1. FC Union Berlin | 9 | 4 | 2 | 3 | 11:9 | 2 | 14 |
| 9 |
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Erzgebirge Aue | 9 | 3 | 4 | 2 | 15:11 | 4 | 13 |
| 10 |
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FSV Frankfurt | 8 | 4 | 1 | 3 | 11:8 | 3 | 13 |
| 11 |
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FC Ingolstadt 04 | 9 | 3 | 3 | 3 | 13:13 | 0 | 12 |
| 12 |
|
VfR Aalen | 8 | 3 | 2 | 3 | 10:8 | 2 | 11 |
| 13 |
|
SV Sandhausen | 8 | 3 | 2 | 3 | 10:13 | -3 | 11 |
| 14 |
|
SC Paderborn 07 | 8 | 2 | 3 | 3 | 13:11 | 2 | 9 |
| 15 |
|
VfL Bochum | 9 | 2 | 3 | 4 | 12:14 | -2 | 9 |
| 16 |
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Jahn Regensburg | 9 | 2 | 2 | 5 | 11:13 | -2 | 8 |
| 17 |
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Dynamo Dresden | 8 | 2 | 2 | 4 | 8:12 | -4 | 8 |
| 18 |
|
MSV Duisburg | 8 | 1 | 2 | 5 | 8:16 | -8 | 5 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
