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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Eintracht Braunschweig | 23 | 14 | 5 | 4 | 18:7 | 11 | 47 |
| 2 |
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1. FC Kaiserslautern | 23 | 10 | 10 | 3 | 16:8 | 8 | 40 |
| 3 |
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1. FC Union Berlin | 23 | 10 | 8 | 5 | 18:11 | 7 | 38 |
| 4 |
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Hertha BSC | 23 | 8 | 12 | 3 | 12:4 | 8 | 36 |
| 5 |
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Energie Cottbus | 23 | 10 | 4 | 9 | 13:11 | 2 | 34 |
| 6 |
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1. FC Köln | 23 | 8 | 9 | 6 | 12:9 | 3 | 33 |
| 7 |
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Jahn Regensburg | 23 | 8 | 8 | 7 | 13:11 | 2 | 32 |
| 8 |
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TSV 1860 München | 23 | 7 | 10 | 6 | 11:8 | 3 | 31 |
| 9 |
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VfR Aalen | 23 | 7 | 10 | 6 | 9:8 | 1 | 31 |
| 10 |
|
FSV Frankfurt | 23 | 8 | 7 | 8 | 11:11 | 0 | 31 |
| 11 |
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SC Paderborn 07 | 23 | 6 | 11 | 6 | 10:10 | 0 | 29 |
| 12 |
|
Dynamo Dresden | 23 | 7 | 7 | 9 | 14:16 | -2 | 28 |
| 13 |
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FC Ingolstadt 04 | 23 | 5 | 11 | 7 | 9:9 | 0 | 26 |
| 14 |
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Erzgebirge Aue | 23 | 5 | 9 | 9 | 11:17 | -6 | 24 |
| 15 |
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VfL Bochum | 23 | 5 | 7 | 11 | 10:18 | -8 | 22 |
| 16 |
|
SV Sandhausen | 23 | 5 | 7 | 11 | 13:22 | -9 | 22 |
| 17 |
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FC St. Pauli | 23 | 3 | 11 | 9 | 5:14 | -9 | 20 |
| 18 |
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MSV Duisburg | 23 | 3 | 10 | 10 | 7:18 | -11 | 19 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
