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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Hertha BSC | 34 | 19 | 11 | 4 | 44:21 | 23 | 68 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 34 | 15 | 8 | 11 | 29:21 | 8 | 53 |
| 3 |
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FSV Frankfurt | 34 | 13 | 12 | 9 | 34:27 | 7 | 51 |
| 4 |
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TSV 1860 München | 34 | 12 | 15 | 7 | 23:18 | 5 | 51 |
| 5 |
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MSV Duisburg | 34 | 12 | 13 | 9 | 25:25 | 0 | 49 |
| 6 |
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VfR Aalen | 34 | 13 | 9 | 12 | 25:23 | 2 | 48 |
| 7 |
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Energie Cottbus | 34 | 11 | 15 | 8 | 23:23 | 0 | 48 |
| 8 |
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1. FC Kaiserslautern | 34 | 11 | 14 | 9 | 27:21 | 6 | 47 |
| 9 |
|
FC St. Pauli | 34 | 11 | 14 | 9 | 32:27 | 5 | 47 |
| 10 |
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Erzgebirge Aue | 34 | 12 | 11 | 11 | 23:20 | 3 | 47 |
| 11 |
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1. FC Köln | 34 | 10 | 15 | 9 | 26:22 | 4 | 45 |
| 12 |
|
VfL Bochum | 34 | 12 | 9 | 13 | 27:28 | -1 | 45 |
| 13 |
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SC Paderborn 07 | 34 | 11 | 11 | 12 | 29:30 | -1 | 44 |
| 14 |
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1. FC Union Berlin | 34 | 11 | 8 | 15 | 26:30 | -4 | 41 |
| 15 |
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FC Ingolstadt 04 | 34 | 10 | 9 | 15 | 22:28 | -6 | 39 |
| 16 |
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Dynamo Dresden | 34 | 7 | 13 | 14 | 18:29 | -11 | 34 |
| 17 |
|
SV Sandhausen | 34 | 7 | 11 | 16 | 21:34 | -13 | 32 |
| 18 |
|
Jahn Regensburg | 34 | 5 | 10 | 19 | 17:44 | -27 | 25 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
