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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Kaiserslautern | 6 | 3 | 3 | 0 | 4:1 | 3 | 12 |
| 2 |
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Energie Cottbus | 6 | 4 | 0 | 2 | 5:3 | 2 | 12 |
| 3 |
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Hertha BSC | 6 | 3 | 2 | 1 | 4:1 | 3 | 11 |
| 4 |
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FSV Frankfurt | 6 | 3 | 2 | 1 | 4:2 | 2 | 11 |
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SC Paderborn 07 | 6 | 3 | 2 | 1 | 4:2 | 2 | 11 | |
| 6 |
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Eintracht Braunschweig | 6 | 3 | 2 | 1 | 3:1 | 2 | 11 |
| 7 |
|
SV Sandhausen | 6 | 2 | 4 | 0 | 3:1 | 2 | 10 |
| 8 |
|
FC Ingolstadt 04 | 6 | 2 | 3 | 1 | 5:2 | 3 | 9 |
| 9 |
|
TSV 1860 München | 6 | 2 | 3 | 1 | 3:2 | 1 | 9 |
| 10 |
|
Dynamo Dresden | 6 | 2 | 2 | 2 | 4:3 | 1 | 8 |
| 11 |
|
VfR Aalen | 6 | 2 | 2 | 2 | 4:4 | 0 | 8 |
| 12 |
|
Erzgebirge Aue | 6 | 1 | 3 | 2 | 1:3 | -2 | 6 |
| 13 |
|
Jahn Regensburg | 6 | 1 | 2 | 3 | 1:4 | -3 | 5 |
| 14 |
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1. FC Köln | 6 | 0 | 4 | 2 | 1:3 | -2 | 4 |
| 15 |
|
FC St. Pauli | 6 | 0 | 4 | 2 | 0:2 | -2 | 4 |
| 16 |
|
VfL Bochum | 6 | 0 | 4 | 2 | 0:3 | -3 | 4 |
| 17 |
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1. FC Union Berlin | 6 | 0 | 3 | 3 | 2:5 | -3 | 3 |
| 18 |
|
MSV Duisburg | 6 | 0 | 1 | 5 | 1:7 | -6 | 1 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
