# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 3 3 0 0 7:3 4 9
2 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 4 3 0 1 6:3 3 9
3 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 4 2 2 0 6:2 4 8
4 FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 4 2 2 0 6:3 3 8
5 Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 4 2 1 1 5:5 0 7
6 TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 4 1 3 0 4:2 2 6
7 Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 4 1 2 1 6:7 -1 5
8 FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 5 1 2 2 6:8 -2 5
9 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 4 1 1 2 5:5 0 4
10 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 4 1 1 2 5:6 -1 4
11 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 3 1 1 1 1:4 -3 4
12 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 4 1 0 3 3:5 -2 3
13 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 4 1 0 3 3:6 -3 3
14 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 4 0 2 2 5:8 -3 2
15 FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 5 0 2 3 1:7 -6 2
16 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 4 0 1 3 2:10 -8 1
17 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 4 0 0 4 1:9 -8 0
18 MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 4 0 0 4 1:10 -9 0
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.