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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Kaiserslautern | 8 | 5 | 3 | 0 | 6:1 | 5 | 18 |
| 2 |
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Hertha BSC | 8 | 5 | 2 | 1 | 6:1 | 5 | 17 |
| 3 |
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TSV 1860 München | 8 | 4 | 3 | 1 | 7:2 | 5 | 15 |
| 4 |
|
VfR Aalen | 8 | 4 | 2 | 2 | 6:4 | 2 | 14 |
| 5 |
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Energie Cottbus | 8 | 4 | 1 | 3 | 5:4 | 1 | 13 |
| 6 |
|
FC Ingolstadt 04 | 8 | 3 | 3 | 2 | 6:3 | 3 | 12 |
| 7 |
|
FSV Frankfurt | 8 | 3 | 3 | 2 | 4:3 | 1 | 12 |
|
SC Paderborn 07 | 8 | 3 | 3 | 2 | 4:3 | 1 | 12 | |
| 9 |
|
Eintracht Braunschweig | 8 | 3 | 3 | 2 | 3:2 | 1 | 12 |
| 10 |
|
Dynamo Dresden | 8 | 3 | 2 | 3 | 6:4 | 2 | 11 |
| 11 |
|
SV Sandhausen | 8 | 2 | 5 | 1 | 4:5 | -1 | 11 |
| 12 |
|
1. FC Union Berlin | 8 | 2 | 3 | 3 | 4:5 | -1 | 9 |
|
Jahn Regensburg | 8 | 2 | 3 | 3 | 4:5 | -1 | 9 | |
| 14 |
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1. FC Köln | 8 | 1 | 5 | 2 | 2:3 | -1 | 8 |
| 15 |
|
Erzgebirge Aue | 8 | 1 | 3 | 4 | 1:6 | -5 | 6 |
| 16 |
|
FC St. Pauli | 8 | 0 | 4 | 4 | 0:5 | -5 | 4 |
|
VfL Bochum | 8 | 0 | 4 | 4 | 0:5 | -5 | 4 | |
| 18 |
|
MSV Duisburg | 8 | 0 | 2 | 6 | 1:8 | -7 | 2 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
