# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 12 7 3 2 10:5 5 24
2 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 12 5 5 2 8:4 4 20
3 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 12 5 4 3 8:5 3 19
4 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 12 4 6 2 6:2 4 18
5 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 12 5 3 4 8:6 2 18
6 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 12 5 3 4 10:9 1 18
7 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 12 5 3 4 7:7 0 18
8 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 12 4 4 4 9:8 1 16
9 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 12 3 7 2 5:4 1 16
10 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 12 4 4 4 8:8 0 16
11 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 12 4 4 4 4:6 -2 16
12 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 12 3 6 3 6:6 0 15
13 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 12 3 5 4 6:6 0 14
14 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 12 2 8 2 3:3 0 14
15 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 12 3 5 4 4:5 -1 14
16 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 12 3 4 5 7:8 -1 13
17 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 12 3 4 5 5:8 -3 13
18 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 12 3 4 5 5:10 -5 13
19 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 12 3 3 6 6:10 -4 12
20 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 12 1 5 6 3:8 -5 8
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.