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| 05.10.2012 | 19:00 | VfL Osnabrück | - | SV Wehen Wiesbaden | 2:2 (1:1) | |
| 06.10.2012 | 14:00 | Wacker Burghausen | - | Hallescher FC | 2:0 (0:0) | |
| 14:00 | VfB Stuttgart II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:2 (0:1) | ||
| 14:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | Stuttgarter Kickers | 0:3 (0:0) | ||
| 14:00 | Karlsruher SC | - | SpVgg Unterhaching | 0:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Kickers Offenbach | - | SV Babelsberg 03 | 5:2 (1:2) | ||
| 14:00 | 1. FC Saarbrücken | - | Preußen Münster | 0:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Alemannia Aachen | - | SV Darmstadt 98 | 1:1 (0:0) | ||
| 14:00 | Arminia Bielefeld | - | Hansa Rostock | 0:1 (0:1) | ||
| 07.10.2012 | 14:00 | Borussia Dortmund II | - | Chemnitzer FC | 1:2 (1:1) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Preußen Münster | 13 | 8 | 4 | 1 | 23:8 | 15 | 28 |
| 2 |
|
VfL Osnabrück | 13 | 8 | 2 | 3 | 18:9 | 9 | 26 |
| 3 |
|
SpVgg Unterhaching | 13 | 8 | 2 | 3 | 24:18 | 6 | 26 |
| 4 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 13 | 7 | 3 | 3 | 25:19 | 6 | 24 |
| 5 |
|
Arminia Bielefeld | 13 | 7 | 3 | 3 | 20:14 | 6 | 24 |
| 6 |
|
Wacker Burghausen | 13 | 7 | 1 | 5 | 19:14 | 5 | 22 |
| 7 |
|
Hansa Rostock | 13 | 6 | 3 | 4 | 17:18 | -1 | 21 |
| 8 |
|
Kickers Offenbach | 13 | 6 | 3 | 4 | 24:16 | 8 | 19 |
| 9 |
|
Karlsruher SC | 13 | 4 | 6 | 3 | 16:9 | 7 | 18 |
| 10 |
|
Chemnitzer FC | 13 | 5 | 3 | 5 | 15:15 | 0 | 18 |
| 11 |
|
1. FC Saarbrücken | 13 | 5 | 2 | 6 | 16:19 | -3 | 17 |
| 12 |
|
Stuttgarter Kickers | 13 | 4 | 3 | 6 | 17:15 | 2 | 15 |
| 13 |
|
VfB Stuttgart II | 13 | 4 | 3 | 6 | 13:16 | -3 | 15 |
| 14 |
|
Hallescher FC | 13 | 3 | 5 | 5 | 10:14 | -4 | 14 |
| 15 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 13 | 1 | 10 | 2 | 15:16 | -1 | 13 |
| 16 |
|
SV Darmstadt 98 | 13 | 2 | 5 | 6 | 12:19 | -7 | 11 |
| 17 |
|
SV Babelsberg 03 | 13 | 3 | 2 | 8 | 11:21 | -10 | 11 |
| 18 |
|
Alemannia Aachen | 13 | 3 | 5 | 5 | 15:20 | -5 | 9 |
| 19 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 13 | 2 | 3 | 8 | 11:25 | -14 | 9 |
| 20 |
|
Borussia Dortmund II | 13 | 1 | 4 | 8 | 10:26 | -16 | 7 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
|
# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
