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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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VfL Osnabrück | 7 | 5 | 1 | 1 | 11:4 | 7 | 16 |
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Wacker Burghausen | 7 | 5 | 1 | 1 | 11:4 | 7 | 16 | |
| 3 |
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Preußen Münster | 6 | 4 | 2 | 0 | 12:3 | 9 | 14 |
| 4 |
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Arminia Bielefeld | 7 | 4 | 2 | 1 | 9:4 | 5 | 14 |
| 5 |
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Kickers Offenbach | 7 | 4 | 1 | 2 | 15:9 | 6 | 13 |
| 6 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 6 | 4 | 1 | 1 | 13:9 | 4 | 13 |
| 7 |
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SpVgg Unterhaching | 6 | 4 | 0 | 2 | 14:12 | 2 | 12 |
| 8 |
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Hansa Rostock | 6 | 3 | 2 | 1 | 9:6 | 3 | 11 |
| 9 |
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Karlsruher SC | 7 | 2 | 4 | 1 | 8:3 | 5 | 10 |
| 10 |
|
SV Babelsberg 03 | 6 | 3 | 1 | 2 | 6:4 | 2 | 10 |
| 11 |
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Chemnitzer FC | 6 | 3 | 1 | 2 | 9:8 | 1 | 10 |
| 12 |
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Stuttgarter Kickers | 6 | 2 | 2 | 2 | 7:5 | 2 | 8 |
| 13 |
|
Hallescher FC | 6 | 2 | 2 | 2 | 7:6 | 1 | 8 |
| 14 |
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SV Darmstadt 98 | 6 | 2 | 2 | 2 | 7:8 | -1 | 8 |
| 15 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 6 | 1 | 4 | 1 | 7:7 | 0 | 7 |
| 16 |
|
Alemannia Aachen | 7 | 1 | 3 | 3 | 9:13 | -4 | 6 |
| 17 |
|
Borussia Dortmund II | 7 | 1 | 3 | 3 | 6:10 | -4 | 6 |
| 18 |
|
VfB Stuttgart II | 7 | 2 | 0 | 5 | 5:11 | -6 | 6 |
| 19 |
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1. FC Saarbrücken | 7 | 1 | 2 | 4 | 8:11 | -3 | 5 |
| 20 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 7 | 1 | 2 | 4 | 7:14 | -7 | 5 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
