# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 13 7 3 3 10:6 4 24
2 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 13 5 6 2 8:4 4 21
3 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 13 6 3 4 11:9 2 21
4 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 13 5 5 3 8:5 3 20
5 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 13 4 7 2 7:3 4 19
6 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 13 5 4 4 10:8 2 19
7 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 13 5 4 4 7:7 0 19
8 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 13 5 3 5 9:8 1 18
9 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 13 3 8 2 5:4 1 17
10 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 13 4 5 4 8:8 0 17
11 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 13 4 5 4 4:6 -2 17
12 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 13 3 7 3 7:7 0 16
13 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 13 2 9 2 3:3 0 15
14 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 13 3 6 4 5:6 -1 15
15 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 13 4 3 6 8:11 -3 15
16 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 13 3 5 5 7:8 -1 14
17 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 13 3 5 5 6:7 -1 14
18 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 13 3 5 5 6:9 -3 14
19 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 13 3 5 5 5:10 -5 14
20 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 13 1 6 6 3:8 -5 9
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.