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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Preußen Münster | 12 | 8 | 4 | 0 | 15:3 | 12 | 28 |
| 2 |
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VfL Osnabrück | 12 | 8 | 2 | 2 | 12:2 | 10 | 26 |
| 3 |
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Wacker Burghausen | 12 | 8 | 2 | 2 | 12:4 | 8 | 26 |
| 4 |
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Arminia Bielefeld | 12 | 5 | 5 | 2 | 10:8 | 2 | 20 |
| 5 |
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Kickers Offenbach | 12 | 5 | 4 | 3 | 11:8 | 3 | 19 |
| 6 |
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SpVgg Unterhaching | 12 | 6 | 1 | 5 | 16:14 | 2 | 19 |
| 7 |
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Hansa Rostock | 12 | 5 | 3 | 4 | 7:10 | -3 | 18 |
| 8 |
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Karlsruher SC | 12 | 4 | 5 | 3 | 11:5 | 6 | 17 |
| 9 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 12 | 4 | 5 | 3 | 13:10 | 3 | 17 |
| 10 |
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Alemannia Aachen | 12 | 4 | 4 | 4 | 11:11 | 0 | 16 |
| 11 |
|
Stuttgarter Kickers | 12 | 4 | 4 | 4 | 7:7 | 0 | 16 |
| 12 |
|
1. FC Saarbrücken | 12 | 4 | 3 | 5 | 8:11 | -3 | 15 |
| 13 |
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Hallescher FC | 12 | 3 | 5 | 4 | 7:9 | -2 | 14 |
| 14 |
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Chemnitzer FC | 12 | 2 | 7 | 3 | 7:8 | -1 | 13 |
|
VfB Stuttgart II | 12 | 3 | 4 | 5 | 7:8 | -1 | 13 | |
| 16 |
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SV Babelsberg 03 | 12 | 2 | 6 | 4 | 3:6 | -3 | 12 |
| 17 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 12 | 2 | 5 | 5 | 7:12 | -5 | 11 |
| 18 |
|
SV Darmstadt 98 | 12 | 2 | 3 | 7 | 7:12 | -5 | 9 |
| 19 |
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Rot-Weiß Erfurt | 12 | 2 | 1 | 9 | 4:15 | -11 | 7 |
| 20 |
|
Borussia Dortmund II | 12 | 1 | 3 | 8 | 4:16 | -12 | 6 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
