# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 11 6 3 2 15:9 6 21
2 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 11 5 5 1 18:8 10 20
3 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 10 5 2 3 14:8 6 17
4 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 9 4 4 1 10:6 4 16
5 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 9 4 3 2 13:7 6 15
6 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 10 4 3 3 15:14 1 15
7 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 11 4 2 5 16:18 -2 14
8 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 11 3 3 5 10:17 -7 12
9 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 9 4 0 5 9:17 -8 12
10 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 11 3 3 5 7:15 -8 12
11 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 11 2 4 5 12:15 -3 10
12 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 9 2 3 4 12:12 0 9
13 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 9 2 3 4 8:11 -3 9
14 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 11 0 9 2 14:19 -5 9
15 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 10 3 0 7 10:19 -9 9
16 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 9 2 2 5 9:16 -7 8
17 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 9 2 1 6 10:13 -3 7
18 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 9 2 1 6 8:20 -12 7
19 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 11 0 5 6 9:19 -10 5
20 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 10 1 2 7 8:21 -13 5
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.