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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Arminia Bielefeld | 25 | 13 | 7 | 5 | 20:12 | 8 | 46 |
| 2 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 25 | 13 | 5 | 7 | 24:15 | 9 | 44 |
| 3 |
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Karlsruher SC | 25 | 9 | 14 | 2 | 15:7 | 8 | 41 |
| 4 |
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Preußen Münster | 25 | 10 | 8 | 7 | 15:13 | 2 | 38 |
| 5 |
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SV Wehen Wiesbaden | 25 | 8 | 12 | 5 | 17:10 | 7 | 36 |
| 6 |
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SpVgg Unterhaching | 25 | 7 | 12 | 6 | 13:12 | 1 | 33 |
| 7 |
|
VfL Osnabrück | 25 | 7 | 12 | 6 | 12:12 | 0 | 33 |
| 8 |
|
SV Darmstadt 98 | 25 | 7 | 12 | 6 | 9:10 | -1 | 33 |
| 9 |
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SV Babelsberg 03 | 25 | 9 | 6 | 10 | 15:19 | -4 | 33 |
| 10 |
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Hansa Rostock | 25 | 7 | 11 | 7 | 15:13 | 2 | 32 |
| 11 |
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Chemnitzer FC | 25 | 6 | 13 | 6 | 16:14 | 2 | 31 |
| 12 |
|
VfB Stuttgart II | 25 | 6 | 13 | 6 | 12:13 | -1 | 31 |
| 13 |
|
Wacker Burghausen | 25 | 7 | 9 | 9 | 13:16 | -3 | 30 |
| 14 |
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Rot-Weiß Erfurt | 25 | 6 | 11 | 8 | 14:17 | -3 | 29 |
| 15 |
|
Borussia Dortmund II | 25 | 6 | 10 | 9 | 12:16 | -4 | 28 |
| 16 |
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1. FC Saarbrücken | 25 | 7 | 7 | 11 | 17:22 | -5 | 28 |
| 17 |
|
Kickers Offenbach | 25 | 6 | 9 | 10 | 13:17 | -4 | 27 |
| 18 |
|
Stuttgarter Kickers | 25 | 5 | 10 | 10 | 13:15 | -2 | 25 |
| 19 |
|
Hallescher FC | 25 | 3 | 16 | 6 | 7:12 | -5 | 25 |
| 20 |
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Alemannia Aachen | 25 | 3 | 13 | 9 | 6:13 | -7 | 22 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
