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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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VfL Osnabrück | 25 | 16 | 5 | 4 | 30:8 | 22 | 53 |
| 2 |
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Preußen Münster | 25 | 13 | 11 | 1 | 26:7 | 19 | 50 |
| 3 |
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Karlsruher SC | 25 | 11 | 10 | 4 | 31:9 | 22 | 43 |
| 4 |
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Arminia Bielefeld | 25 | 11 | 10 | 4 | 22:12 | 10 | 43 |
| 5 |
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Wacker Burghausen | 25 | 12 | 6 | 7 | 20:17 | 3 | 42 |
| 6 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 25 | 10 | 8 | 7 | 23:21 | 2 | 38 |
| 7 |
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SpVgg Unterhaching | 25 | 10 | 7 | 8 | 25:21 | 4 | 37 |
| 8 |
|
Chemnitzer FC | 25 | 7 | 13 | 5 | 19:17 | 2 | 34 |
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Kickers Offenbach | 25 | 8 | 10 | 7 | 19:17 | 2 | 34 | |
| 10 |
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VfB Stuttgart II | 25 | 9 | 7 | 9 | 17:15 | 2 | 34 |
| 11 |
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Stuttgarter Kickers | 25 | 7 | 10 | 8 | 15:14 | 1 | 31 |
| 12 |
|
Hallescher FC | 25 | 7 | 8 | 10 | 16:22 | -6 | 29 |
| 13 |
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1. FC Saarbrücken | 25 | 7 | 7 | 11 | 17:24 | -7 | 28 |
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Alemannia Aachen | 25 | 6 | 10 | 9 | 17:24 | -7 | 28 | |
| 15 |
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Hansa Rostock | 25 | 5 | 11 | 9 | 9:20 | -11 | 26 |
| 16 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 25 | 7 | 5 | 13 | 14:26 | -12 | 26 |
| 17 |
|
SV Babelsberg 03 | 25 | 3 | 15 | 7 | 6:14 | -8 | 24 |
| 18 |
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SV Wehen Wiesbaden | 25 | 3 | 13 | 9 | 12:21 | -9 | 22 |
| 19 |
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Borussia Dortmund II | 25 | 4 | 8 | 13 | 12:27 | -15 | 20 |
| 20 |
|
SV Darmstadt 98 | 25 | 2 | 10 | 13 | 10:24 | -14 | 16 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
