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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Arminia Bielefeld | 13 | 9 | 3 | 1 | 23:8 | 15 | 30 |
| 2 |
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Karlsruher SC | 14 | 8 | 5 | 1 | 25:7 | 18 | 29 |
| 3 |
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Preußen Münster | 13 | 8 | 5 | 0 | 24:7 | 17 | 29 |
| 4 |
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Wacker Burghausen | 13 | 8 | 3 | 2 | 22:12 | 10 | 27 |
| 5 |
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VfL Osnabrück | 12 | 8 | 2 | 2 | 21:8 | 13 | 26 |
| 6 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 12 | 8 | 2 | 2 | 25:16 | 9 | 26 |
| 7 |
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Chemnitzer FC | 13 | 8 | 2 | 3 | 24:16 | 8 | 26 |
| 8 |
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SV Babelsberg 03 | 13 | 6 | 4 | 3 | 13:10 | 3 | 22 |
| 9 |
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Kickers Offenbach | 14 | 6 | 3 | 5 | 21:18 | 3 | 21 |
| 10 |
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Hansa Rostock | 13 | 6 | 3 | 4 | 13:12 | 1 | 21 |
| 11 |
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SpVgg Unterhaching | 14 | 6 | 2 | 6 | 26:27 | -1 | 20 |
| 12 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 14 | 5 | 5 | 4 | 21:23 | -2 | 20 |
| 13 |
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Stuttgarter Kickers | 14 | 4 | 5 | 5 | 15:13 | 2 | 17 |
| 14 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 12 | 4 | 5 | 3 | 13:12 | 1 | 17 |
| 15 |
|
SV Darmstadt 98 | 13 | 4 | 5 | 4 | 11:12 | -1 | 17 |
| 16 |
|
VfB Stuttgart II | 12 | 5 | 1 | 6 | 10:14 | -4 | 16 |
| 17 |
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1. FC Saarbrücken | 13 | 3 | 5 | 5 | 24:22 | 2 | 14 |
| 18 |
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Hallescher FC | 12 | 3 | 4 | 5 | 12:16 | -4 | 13 |
| 19 |
|
Borussia Dortmund II | 13 | 2 | 7 | 4 | 9:14 | -5 | 13 |
| 20 |
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Alemannia Aachen | 13 | 3 | 4 | 6 | 14:23 | -9 | 13 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
