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| Tabelle | Heim | » Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Karlsruher SC | 17 | 9 | 4 | 4 | 27:14 | 13 | 31 |
| 2 |
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VfL Osnabrück | 18 | 9 | 3 | 6 | 28:20 | 8 | 30 |
| 3 |
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Preußen Münster | 18 | 8 | 6 | 4 | 23:15 | 8 | 30 |
| 4 |
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Arminia Bielefeld | 17 | 8 | 5 | 4 | 25:20 | 5 | 29 |
| 5 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 18 | 8 | 4 | 6 | 29:25 | 4 | 28 |
| 6 |
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VfB Stuttgart II | 18 | 5 | 7 | 6 | 19:18 | 1 | 22 |
| 7 |
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SpVgg Unterhaching | 17 | 5 | 5 | 7 | 14:18 | -4 | 20 |
| 8 |
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1. FC Saarbrücken | 17 | 6 | 2 | 9 | 17:31 | -14 | 20 |
| 9 |
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SV Wehen Wiesbaden | 18 | 2 | 12 | 4 | 22:27 | -5 | 18 |
| 10 |
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Hallescher FC | 18 | 5 | 3 | 10 | 14:28 | -14 | 18 |
| 11 |
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Chemnitzer FC | 18 | 3 | 7 | 8 | 21:27 | -6 | 16 |
| 12 |
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Rot-Weiß Erfurt | 17 | 4 | 4 | 9 | 16:26 | -10 | 16 |
| 13 |
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Hansa Rostock | 18 | 4 | 4 | 10 | 21:33 | -12 | 16 |
| 14 |
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Kickers Offenbach | 17 | 3 | 6 | 8 | 16:20 | -4 | 15 |
| 15 |
|
Stuttgarter Kickers | 17 | 4 | 3 | 10 | 19:28 | -9 | 15 |
| 16 |
|
Wacker Burghausen | 17 | 3 | 4 | 10 | 13:25 | -12 | 13 |
| 17 |
|
SV Darmstadt 98 | 18 | 2 | 7 | 9 | 13:26 | -13 | 13 |
| 18 |
|
Borussia Dortmund II | 17 | 3 | 4 | 10 | 17:34 | -17 | 13 |
| 19 |
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Alemannia Aachen | 17 | 2 | 6 | 9 | 13:25 | -12 | 12 |
| 20 |
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SV Babelsberg 03 | 18 | 2 | 3 | 13 | 13:31 | -18 | 9 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
