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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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VfL Osnabrück | 35 | 20 | 9 | 6 | 39:14 | 25 | 69 |
| 2 |
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Preußen Münster | 35 | 18 | 15 | 2 | 36:12 | 24 | 69 |
| 3 |
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Arminia Bielefeld | 35 | 17 | 12 | 6 | 31:16 | 15 | 63 |
| 4 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 35 | 17 | 11 | 7 | 36:25 | 11 | 62 |
| 5 |
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Karlsruher SC | 35 | 13 | 18 | 4 | 38:14 | 24 | 57 |
| 6 |
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SpVgg Unterhaching | 35 | 13 | 12 | 10 | 30:25 | 5 | 51 |
| 7 |
|
Wacker Burghausen | 35 | 12 | 13 | 10 | 21:23 | -2 | 49 |
| 8 |
|
Chemnitzer FC | 35 | 11 | 15 | 9 | 30:26 | 4 | 48 |
| 9 |
|
1. FC Saarbrücken | 35 | 12 | 12 | 11 | 29:30 | -1 | 48 |
| 10 |
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VfB Stuttgart II | 35 | 11 | 10 | 14 | 21:20 | 1 | 43 |
| 11 |
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Kickers Offenbach | 35 | 9 | 15 | 11 | 21:23 | -2 | 42 |
| 12 |
|
Hallescher FC | 35 | 9 | 12 | 14 | 21:29 | -8 | 39 |
| 13 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 35 | 10 | 9 | 16 | 20:32 | -12 | 39 |
| 14 |
|
Stuttgarter Kickers | 35 | 9 | 11 | 15 | 20:25 | -5 | 38 |
| 15 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 35 | 7 | 15 | 13 | 19:29 | -10 | 36 |
| 16 |
|
Hansa Rostock | 35 | 7 | 15 | 13 | 16:29 | -13 | 36 |
| 17 |
|
Alemannia Aachen | 35 | 8 | 12 | 15 | 26:40 | -14 | 36 |
| 18 |
|
SV Babelsberg 03 | 35 | 5 | 19 | 11 | 12:21 | -9 | 34 |
| 19 |
|
Borussia Dortmund II | 35 | 6 | 13 | 16 | 16:33 | -17 | 31 |
| 20 |
|
SV Darmstadt 98 | 35 | 6 | 12 | 17 | 15:31 | -16 | 30 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
