| 20. Spieltag | 01.02.2013 | 1. FC Union Berlin | - | SV Sandhausen | 3:1 |  |
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| 21. Spieltag | 11.02.2013 | Hertha BSC | - | 1. FC Union Berlin | 2:2 | ||||
| 22. Spieltag | 16.02.2013 | 1. FC Union Berlin | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 23. Spieltag | 23.02.2013 | 1. FC Köln | - | 1. FC Union Berlin | 2:0 | ||||
| 24. Spieltag | 01.03.2013 | 1. FC Union Berlin | - | Erzgebirge Aue | 3:0 | ||||
| 25. Spieltag | 09.03.2013 | Energie Cottbus | - | 1. FC Union Berlin | 2:1 | ||||
| 26. Spieltag | 15.03.2013 | 1. FC Union Berlin | - | FC St. Pauli | 4:2 | ||||
| 28. Spieltag | 07.04.2013 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Union Berlin | 1:1 | ||||
| 29. Spieltag | 12.04.2013 | 1. FC Union Berlin | - | Dynamo Dresden | 0:0 | ||||
| 30. Spieltag | 19.04.2013 | VfR Aalen | - | 1. FC Union Berlin | 3:0 | |
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| 31. Spieltag | 26.04.2013 | 1. FC Union Berlin | - | Jahn Regensburg | 1:0 | |
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| 32. Spieltag | 05.05.2013 | TSV 1860 München | - | 1. FC Union Berlin | 3:0 | ||||
| 34. Spieltag | 19.05.2013 | VfL Bochum | - | 1. FC Union Berlin | 1:2 | |
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