1. Spieltag 06.08.2006 Hertha BSC II - 1. FC Union Berlin 0:3
4. Spieltag 18.08.2006 Bayer Leverkusen II - 1. FC Union Berlin 0:0
5. Spieltag 25.08.2006 1. FC Union Berlin - Kickers Emden 1:0
6. Spieltag 02.09.2006 FC St. Pauli - 1. FC Union Berlin 0:0
7. Spieltag 09.09.2006 1. FC Union Berlin - Hamburger SV II 0:1
11. Spieltag 14.10.2006 1. FC Union Berlin - VfL Osnabrück 2:2
12. Spieltag 20.10.2006 Fortuna Düsseldorf - 1. FC Union Berlin 2:1
13. Spieltag 28.10.2006 1. FC Union Berlin - Rot-Weiß Erfurt 2:4
14. Spieltag 04.11.2006 Dynamo Dresden - 1. FC Union Berlin 2:0
15. Spieltag 08.11.2006 1. FC Union Berlin - 1. FC Magdeburg 1:2
16. Spieltag 11.11.2006 Wuppertaler SV - 1. FC Union Berlin 2:1
17. Spieltag 18.11.2006 1. FC Union Berlin - Borussia Dortmund II 2:0
18. Spieltag 25.11.2006 VfB Lübeck - 1. FC Union Berlin 0:1 gelb-rote Karte
20. Spieltag 09.12.2006 1. FC Union Berlin - Hertha BSC II 2:2
23. Spieltag 23.02.2007 1. FC Union Berlin - Bayer Leverkusen II 4:0
25. Spieltag 10.03.2007 1. FC Union Berlin - FC St. Pauli 2:0
26. Spieltag 17.03.2007 Hamburger SV II - 1. FC Union Berlin 0:0
28. Spieltag 28.03.2007 Bor. Mönchengladbach II - 1. FC Union Berlin 0:3
29. Spieltag 31.03.2007 1. FC Union Berlin - Rot Weiss Ahlen 1:1
27. Spieltag 04.04.2007 1. FC Union Berlin - Holstein Kiel 0:2
30. Spieltag 07.04.2007 VfL Osnabrück - 1. FC Union Berlin 1:0
31. Spieltag 14.04.2007 1. FC Union Berlin - Fortuna Düsseldorf 1:0
24. Spieltag 17.04.2007 Kickers Emden - 1. FC Union Berlin 2:1 gelbe Karte
32. Spieltag 21.04.2007 Rot-Weiß Erfurt - 1. FC Union Berlin 1:0 gelbe Karte
33. Spieltag 28.04.2007 1. FC Union Berlin - Dynamo Dresden 2:1 gelbe Karte
34. Spieltag 05.05.2007 1. FC Magdeburg - 1. FC Union Berlin 3:1
35. Spieltag 11.05.2007 1. FC Union Berlin - Wuppertaler SV 0:3
36. Spieltag 19.05.2007 Borussia Dortmund II - 1. FC Union Berlin 1:1
37. Spieltag 26.05.2007 1. FC Union Berlin - VfB Lübeck 1:1
38. Spieltag 02.06.2007 Werder Bremen II - 1. FC Union Berlin 3:2