1. Spieltag 31.07.1998 FC St. Pauli - TeBe Berlin 1:0
2. Spieltag 09.08.1998 SpVgg Greuther Fürth - FC St. Pauli 1:0
3. Spieltag 13.08.1998 FC St. Pauli - SG Wattenscheid 09 1:0
4. Spieltag 17.08.1998 Karlsruher SC - FC St. Pauli 3:0
5. Spieltag 24.08.1998 FC St. Pauli - Arminia Bielefeld 1:2
6. Spieltag 14.09.1998 1. FC Köln - FC St. Pauli 1:4 Tor
7. Spieltag 20.09.1998 FC St. Pauli - SpVgg Unterhaching 1:1
8. Spieltag 27.09.1998 Hannover 96 - FC St. Pauli 3:0 gelbe Karte
9. Spieltag 02.10.1998 FC St. Pauli - SSV Ulm 1846 0:1 gelbe Karte
11. Spieltag 25.10.1998 FC Gütersloh - FC St. Pauli 1:4
12. Spieltag 01.11.1998 FC St. Pauli - Energie Cottbus 1:1
13. Spieltag 08.11.1998 Rot-Weiß Oberhausen - FC St. Pauli 3:2
14. Spieltag 15.11.1998 FC St. Pauli - Fortuna Köln 0:0 gelbe Karte
15. Spieltag 20.11.1998 Fortuna Düsseldorf - FC St. Pauli 2:2 gelbe Karte
16. Spieltag 01.12.1998 FC St. Pauli - KFC Uerdingen 05 2:3
19. Spieltag 20.12.1998 FC St. Pauli - SpVgg Greuther Fürth 0:2
17. Spieltag 22.02.1999 Stuttgarter Kickers - FC St. Pauli 1:3 Tor gelbe Karte
18. Spieltag 04.03.1999 TeBe Berlin - FC St. Pauli 0:2 Tor gelbe Karte
21. Spieltag 07.03.1999 FC St. Pauli - Karlsruher SC 1:0 Tor
22. Spieltag 12.03.1999 Arminia Bielefeld - FC St. Pauli 0:0
23. Spieltag 22.03.1999 FC St. Pauli - 1. FC Köln 0:0
24. Spieltag 01.04.1999 SpVgg Unterhaching - FC St. Pauli 2:1
26. Spieltag 16.04.1999 SSV Ulm 1846 - FC St. Pauli 4:1 Tor
27. Spieltag 23.04.1999 FC St. Pauli - 1. FSV Mainz 05 2:1
28. Spieltag 30.04.1999 FC St. Pauli - FC Gütersloh 1:0
29. Spieltag 09.05.1999 Energie Cottbus - FC St. Pauli 0:3 TorTor gelbe Karte
30. Spieltag 14.05.1999 FC St. Pauli - Rot-Weiß Oberhausen 1:1 Tor
31. Spieltag 23.05.1999 Fortuna Köln - FC St. Pauli 1:1
32. Spieltag 28.05.1999 FC St. Pauli - Fortuna Düsseldorf 5:0
33. Spieltag 13.06.1999 KFC Uerdingen 05 - FC St. Pauli 1:1 Tor gelbe Karte
34. Spieltag 17.06.1999 FC St. Pauli - Stuttgarter Kickers 6:2 Tor