4. Spieltag 19.08.2006 Rot Weiss Ahlen - 1. FC Magdeburg 2:1
5. Spieltag 26.08.2006 1. FC Magdeburg - VfL Osnabrück 2:0
6. Spieltag 02.09.2006 Fortuna Düsseldorf - 1. FC Magdeburg 3:1
7. Spieltag 13.09.2006 1. FC Magdeburg - Rot-Weiß Erfurt 1:0
8. Spieltag 16.09.2006 Dynamo Dresden - 1. FC Magdeburg 2:1
10. Spieltag 30.09.2006 1. FC Magdeburg - Wuppertaler SV 1:0
11. Spieltag 14.10.2006 Borussia Dortmund II - 1. FC Magdeburg 1:3 gelbe Karte
12. Spieltag 21.10.2006 1. FC Magdeburg - VfB Lübeck 0:2
13. Spieltag 28.10.2006 Werder Bremen II - 1. FC Magdeburg 2:2
14. Spieltag 04.11.2006 1. FC Magdeburg - Hertha BSC II 2:0
15. Spieltag 08.11.2006 1. FC Union Berlin - 1. FC Magdeburg 1:2
16. Spieltag 11.11.2006 1. FC Magdeburg - SV Wilhelmshaven 3:0
17. Spieltag 18.11.2006 Bayer Leverkusen II - 1. FC Magdeburg 1:1
21. Spieltag 10.02.2007 1. FC Magdeburg - Holstein Kiel 0:0
22. Spieltag 17.02.2007 Bor. Mönchengladbach II - 1. FC Magdeburg 1:2
25. Spieltag 10.03.2007 1. FC Magdeburg - Fortuna Düsseldorf 2:2
24. Spieltag 13.03.2007 VfL Osnabrück - 1. FC Magdeburg 1:1 gelbe Karte
26. Spieltag 17.03.2007 Rot-Weiß Erfurt - 1. FC Magdeburg 2:2
27. Spieltag 24.03.2007 1. FC Magdeburg - Dynamo Dresden 1:0
29. Spieltag 31.03.2007 Wuppertaler SV - 1. FC Magdeburg 1:3
30. Spieltag 07.04.2007 1. FC Magdeburg - Borussia Dortmund II 2:2
31. Spieltag 13.04.2007 VfB Lübeck - 1. FC Magdeburg 0:1 Tor
32. Spieltag 20.04.2007 1. FC Magdeburg - Werder Bremen II 2:0
33. Spieltag 27.04.2007 Hertha BSC II - 1. FC Magdeburg 0:2 gelbe Karte
35. Spieltag 12.05.2007 SV Wilhelmshaven - 1. FC Magdeburg 0:2
36. Spieltag 19.05.2007 1. FC Magdeburg - Bayer Leverkusen II 1:1
37. Spieltag 26.05.2007 Kickers Emden - 1. FC Magdeburg 4:2
38. Spieltag 02.06.2007 1. FC Magdeburg - FC St. Pauli 1:1 gelbe Karte