| 1. Spieltag | 27.07.2008 | Bayern München II | - | 1. FC Union Berlin | 2:1 | ||||
| 2. Spieltag | 02.08.2008 | Wuppertaler SV | - | Bayern München II | 2:2 | ||||
| 3. Spieltag | 16.08.2008 | Bayern München II | - | Dynamo Dresden | 1:0 |  |
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| 4. Spieltag | 23.08.2008 | Eintracht Braunschweig | - | Bayern München II | 0:1 | ||||
| 5. Spieltag | 29.08.2008 | Bayern München II | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 6. Spieltag | 13.09.2008 | VfR Aalen | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 7. Spieltag | 19.09.2008 | Bayern München II | - | Werder Bremen II | 1:1 | ||||
| 8. Spieltag | 27.09.2008 | SC Paderborn 07 | - | Bayern München II | 2:1 | |
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| 10. Spieltag | 18.10.2008 | Fortuna Düsseldorf | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 11. Spieltag | 26.10.2008 | Bayern München II | - | SpVgg Unterhaching | 0:0 | ||||
| 12. Spieltag | 29.10.2008 | SV Sandhausen | - | Bayern München II | 3:3 |  |
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| 15. Spieltag | 15.11.2008 | Bayern München II | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | ||||
| 17. Spieltag | 30.11.2008 | Wacker Burghausen | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 26. Spieltag | 13.03.2009 | Werder Bremen II | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 27. Spieltag | 22.03.2009 | Bayern München II | - | SC Paderborn 07 | 2:1 |
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