| 28. Spieltag | 02.03.2013 | SV Wehen Wiesbaden | - | Wacker Burghausen | 1:1 | ||||
| 29. Spieltag | 09.03.2013 | Wacker Burghausen | - | Karlsruher SC | 1:2 | ||||
| 21. Spieltag | 23.03.2013 | Wacker Burghausen | - | Alemannia Aachen | 2:0 | ||||
| 27. Spieltag | 26.03.2013 | Wacker Burghausen | - | Kickers Offenbach | 0:0 |  |
|||
| 32. Spieltag | 06.04.2013 | Hallescher FC | - | Wacker Burghausen | 0:0 | ||||
| 33. Spieltag | 13.04.2013 | Wacker Burghausen | - | Stuttgarter Kickers | 1:4 | ||||
| 34. Spieltag | 20.04.2013 | VfB Stuttgart II | - | Wacker Burghausen | 0:0 | ||||
| 35. Spieltag | 27.04.2013 | Wacker Burghausen | - | SpVgg Unterhaching | 3:1 | ||||
| 36. Spieltag | 04.05.2013 | VfL Osnabrück | - | Wacker Burghausen | 1:0 | ||||
| 37. Spieltag | 11.05.2013 | SV Babelsberg 03 | - | Wacker Burghausen | 0:4 | ||||
| 38. Spieltag | 18.05.2013 | Wacker Burghausen | - | Arminia Bielefeld | 1:0 |
Deutschland