# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 10 5 3 2 9:5 4 18
2 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 10 4 5 1 12:6 6 17
3 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 10 5 2 3 13:9 4 17
4 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 10 5 2 3 9:6 3 17
5 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 10 4 4 2 10:7 3 16
  SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 10 4 4 2 10:7 3 16
7 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 10 4 4 2 8:6 2 16
8 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 10 4 4 2 5:4 1 16
9 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 10 4 3 3 14:10 4 15
10 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 10 3 6 1 6:3 3 15
11 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 10 2 7 1 7:6 1 13
12 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 10 4 1 5 8:10 -2 13
13 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 10 3 3 4 8:10 -2 12
14 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 10 3 3 4 6:9 -3 12
15 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 10 2 4 4 8:13 -5 10
16 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 10 1 6 3 4:6 -2 9
17 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 10 1 5 4 7:10 -3 8
18 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 10 0 8 2 5:8 -3 8
19 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 10 1 5 4 7:12 -5 8
20 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 10 1 1 8 8:17 -9 4
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.