# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 10 7 2 1 8:3 5 23
2 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 10 6 3 1 8:3 5 21
3 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 10 5 4 1 8:2 6 19
4 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 10 4 6 0 6:1 5 18
5 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 10 4 4 2 10:5 5 16
6 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 10 4 3 3 9:5 4 15
7 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 10 4 3 3 8:6 2 15
8 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 10 3 5 2 6:3 3 14
9 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 10 2 7 1 7:5 2 13
10 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 10 3 4 3 5:6 -1 13
11 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 10 2 5 3 4:6 -2 11
12 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 10 2 5 3 3:5 -2 11
13 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 10 3 1 6 7:10 -3 10
14 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 10 2 4 4 3:9 -6 10
15 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 10 2 3 5 3:6 -3 9
16 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 10 1 5 4 5:7 -2 8
17 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 10 1 5 4 3:6 -3 8
18 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 10 1 5 4 2:6 -4 8
19 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 10 1 5 4 2:7 -5 8
20 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 10 1 5 4 5:11 -6 8
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.