# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 1 1 0 0 4:1 3 3
2 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 1 1 0 0 2:0 2 3
  Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 1 1 0 0 2:0 2 3
4 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 1 1 0 0 2:1 1 3
  VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 1 1 0 0 2:1 1 3
6 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 1 1 0 0 1:0 1 3
7 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 1 0 1 0 2:2 0 1
  FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 1 0 1 0 2:2 0 1
9 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 1 0 1 0 1:1 0 1
  Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 1 0 1 0 1:1 0 1
  Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 1 0 1 0 1:1 0 1
  SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 1 0 1 0 1:1 0 1
13 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 1 0 0 1 3:4 -1 0
14 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 1 0 0 1 2:3 -1 0
15 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 1 0 0 1 1:2 -1 0
16 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 1 0 0 1 0:1 -1 0
17 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 1 0 0 1 1:3 -2 0
18 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 1 0 0 1 0:2 -2 0
  Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 1 0 0 1 0:2 -2 0
20 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 1 0 0 1 0:3 -3 0
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.