# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 21 10 9 2 22:9 13 39
2 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 21 11 5 5 18:8 10 38
3 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 21 9 9 3 20:9 11 36
4 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 21 9 6 6 19:13 6 33
5 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 21 9 6 6 20:15 5 33
6 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 21 8 7 6 17:13 4 31
7 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 21 9 4 8 16:13 3 31
8 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 21 7 9 5 15:14 1 30
9 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 21 7 7 7 18:19 -1 28
10 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 21 7 7 7 15:18 -3 28
11 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 21 6 9 6 16:15 1 27
12 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 21 7 6 8 18:18 0 27
13 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 21 5 10 6 10:10 0 25
14 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 21 5 10 6 13:16 -3 25
15 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 21 5 10 6 10:13 -3 25
16 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 21 4 11 6 11:12 -1 23
17 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 21 3 11 7 11:18 -7 20
18 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 21 3 10 8 12:23 -11 19
19 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 21 4 6 11 14:22 -8 18
20 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 21 2 8 11 11:28 -17 14
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.