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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SpVgg Unterhaching | 34 | 15 | 12 | 7 | 28:16 | 12 | 57 |
| 2 |
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1. FC Union Berlin | 34 | 13 | 17 | 4 | 21:9 | 12 | 56 |
| 3 |
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Kickers Emden | 34 | 14 | 14 | 6 | 21:10 | 11 | 56 |
| 4 |
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SC Paderborn 07 | 34 | 14 | 13 | 7 | 26:13 | 13 | 55 |
| 5 |
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SV Sandhausen | 34 | 12 | 15 | 7 | 20:15 | 5 | 51 |
| 6 |
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VfB Stuttgart II | 34 | 13 | 10 | 11 | 25:17 | 8 | 49 |
| 7 |
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Eintracht Braunschweig | 34 | 12 | 13 | 9 | 22:18 | 4 | 49 |
| 8 |
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Fortuna Düsseldorf | 34 | 10 | 16 | 8 | 17:14 | 3 | 46 |
| 9 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 34 | 9 | 17 | 8 | 20:16 | 4 | 44 |
| 10 |
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Bayern München II | 34 | 8 | 19 | 7 | 14:16 | -2 | 43 |
| 11 |
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Werder Bremen II | 34 | 8 | 19 | 7 | 20:24 | -4 | 43 |
| 12 |
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Erzgebirge Aue | 34 | 9 | 15 | 10 | 19:19 | 0 | 42 |
| 13 |
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Kickers Offenbach | 34 | 8 | 16 | 10 | 12:14 | -2 | 40 |
| 14 |
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Wuppertaler SV | 34 | 7 | 16 | 11 | 16:19 | -3 | 37 |
| 15 |
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Dynamo Dresden | 34 | 5 | 19 | 10 | 19:25 | -6 | 34 |
| 16 |
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VfR Aalen | 34 | 5 | 18 | 11 | 13:24 | -11 | 33 |
| 17 |
|
Wacker Burghausen | 34 | 5 | 17 | 12 | 12:20 | -8 | 32 |
| 18 |
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FC Carl Zeiss Jena | 34 | 6 | 14 | 14 | 9:25 | -16 | 32 |
| 19 |
|
Stuttgarter Kickers | 34 | 3 | 22 | 9 | 17:26 | -9 | 31 |
| 20 |
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Jahn Regensburg | 34 | 5 | 16 | 13 | 10:21 | -11 | 31 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
