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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Union Berlin | 34 | 16 | 16 | 2 | 32:10 | 22 | 64 |
| 2 |
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Fortuna Düsseldorf | 34 | 17 | 10 | 7 | 28:13 | 15 | 61 |
| 3 |
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Bayern München II | 34 | 13 | 13 | 8 | 30:18 | 12 | 52 |
| 4 |
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SC Paderborn 07 | 34 | 13 | 13 | 8 | 30:20 | 10 | 52 |
| 5 |
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Kickers Offenbach | 34 | 12 | 14 | 8 | 26:19 | 7 | 50 |
| 6 |
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SV Sandhausen | 34 | 11 | 14 | 9 | 31:29 | 2 | 47 |
| 7 |
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VfB Stuttgart II | 34 | 12 | 10 | 12 | 29:26 | 3 | 46 |
| 8 |
|
Dynamo Dresden | 34 | 11 | 13 | 10 | 20:17 | 3 | 46 |
| 9 |
|
Erzgebirge Aue | 34 | 11 | 12 | 11 | 23:21 | 2 | 45 |
| 10 |
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SpVgg Unterhaching | 34 | 10 | 14 | 10 | 22:24 | -2 | 44 |
| 11 |
|
Jahn Regensburg | 34 | 10 | 14 | 10 | 22:25 | -3 | 44 |
| 12 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 34 | 11 | 11 | 12 | 21:25 | -4 | 44 |
| 13 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 34 | 10 | 11 | 13 | 26:28 | -2 | 41 |
| 14 |
|
Eintracht Braunschweig | 34 | 9 | 14 | 11 | 16:21 | -5 | 41 |
| 15 |
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Wuppertaler SV | 34 | 7 | 18 | 9 | 16:22 | -6 | 39 |
| 16 |
|
Kickers Emden | 34 | 8 | 14 | 12 | 19:27 | -8 | 38 |
| 17 |
|
Wacker Burghausen | 34 | 7 | 14 | 13 | 23:33 | -10 | 35 |
| 18 |
|
Werder Bremen II | 34 | 7 | 13 | 14 | 23:31 | -8 | 34 |
| 19 |
|
VfR Aalen | 34 | 6 | 15 | 13 | 16:28 | -12 | 33 |
| 20 |
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Stuttgarter Kickers | 34 | 7 | 11 | 16 | 20:36 | -16 | 32 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
