# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 18 12 5 1 32:9 23 41
2 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 17 12 3 2 26:10 16 39
3 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 17 9 6 2 26:15 11 33
4 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 18 9 6 3 25:14 11 33
5 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 17 9 5 3 29:16 13 32
6 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 17 9 4 4 27:19 8 31
7 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 17 8 6 3 23:10 13 30
8 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 18 9 3 6 30:18 12 30
9 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 17 8 5 4 28:16 12 29
10 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 18 8 5 5 30:20 10 29
11 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 17 8 5 4 24:18 6 29
12 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 18 7 6 5 32:26 6 27
13 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 18 7 6 5 23:21 2 27
  VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 18 6 9 3 23:21 2 27
15 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 17 7 4 6 19:16 3 25
16 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 18 7 4 7 23:23 0 25
17 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 18 5 8 5 19:24 -5 23
18 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 18 6 4 8 20:27 -7 22
19 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 17 6 4 7 16:23 -7 22
20 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 17 4 6 7 20:25 -5 18
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.