# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 9 6 2 1 8:3 5 20
2 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 9 6 2 1 7:3 4 20
3 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 9 4 5 0 6:1 5 17
4 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 9 4 4 1 7:2 5 16
5 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 9 4 3 2 9:4 5 15
6 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 9 3 5 1 6:2 4 14
7 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 9 3 4 2 7:5 2 13
8 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 9 2 6 1 7:5 2 12
9 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 9 3 3 3 7:6 1 12
10 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 9 2 5 2 4:5 -1 11
11 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 9 3 1 5 7:9 -2 10
12 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 9 2 4 3 4:6 -2 10
13 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 9 2 4 3 3:5 -2 10
14 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 9 2 3 4 3:9 -6 9
15 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 9 1 5 3 5:8 -3 8
16 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 9 2 2 5 3:6 -3 8
17 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 9 1 4 4 4:6 -2 7
18 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 9 1 4 4 3:6 -3 7
19 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 9 1 4 4 1:5 -4 7
20 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 9 1 4 4 2:7 -5 7
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.