# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 6 5 0 1 9:2 7 15
2 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 6 4 2 0 9:3 6 14
3 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 6 4 1 1 9:4 5 13
4 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 5 4 0 1 14:9 5 12
5 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 5 3 2 0 11:3 8 11
6 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 5 3 2 0 9:3 6 11
7 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 6 3 1 2 10:7 3 10
8 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 5 3 1 1 6:3 3 10
9 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 5 3 1 1 10:8 2 10
10 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 5 3 1 1 8:6 2 10
11 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 6 2 3 1 8:3 5 9
12 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 5 2 2 1 7:3 4 8
13 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 6 2 2 2 7:6 1 8
14 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 5 2 2 1 6:5 1 8
15 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 5 1 3 1 7:7 0 6
16 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 6 1 3 2 5:8 -3 6
17 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 6 2 0 4 5:9 -4 6
18 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 5 1 2 2 7:8 -1 5
19 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 6 1 2 3 8:12 -4 5
20 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 6 1 1 4 8:11 -3 4
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.